از آنجا که پنجره دو جداره یو پی وی سی آخرین نسل از پنجره های تولیدی در دنیا می باشد تمامی معایب نسل های قبلی پنجره یعنی چوب و آهن و آلومینیوم در آن رعایت و رفع گردیده است، مهمترین معایب پنجره یو پی وی سی به وجود می آید به خاطر استفاده از متریال نامناسب یا معیوب، تولید غیر استاندارد و همچنین نصب اشتباه می باشد. برای جلوگیری از این معایب خریدار بایستی به متریال استفاده شده در پنجره دو جداره که شامل پروفیل، یراق آلات و شیشه می باشد دقت کرده و همچنین توجه داشته باشد مواردی همچون گالوانیزه آهن داخل پروفیل ها و گاز آرگون میان شیشه ها را از فروشنده بخواهد و همچنین این موارد مذکور را در قرارداد گنجانده و با محصولی که تحویل می گیرد چک کند تا مغایرت نداشته باشد.
همچنین مشتری بایستی که هنگام نصب پنجره ها حضور داشته باشد و بر موارد بسیار مهمی همچون رگلاژ بازشوهای پنجره ها و همچنین درزبندی آنها نظارت کند و حتی تسویه نهایی را به بعد از این مرحله موکول نماید. همچنین گارانتی متریال استفاده شده را که بایستی معتر باشند پس از اتمام کار از فروشنده دریافت نماید.